پس از تأثیر چهارم، شینجی، آسکا و ری بدون اوانگلیون‌های خود در یکی از نادرترین نقاط انسانی که هنوز در سیاره زمین ویران وجود دارد، پناه می‌گیرند. در آنجا، هر یک زندگی‌ای بسیار متفاوت از روزهای خود به عنوان خلبان اوانگلیون را تجربه می‌کند. با این حال، خطر برای جهان هنوز به پایان نرسیده است. یک تأثیر جدید در افق در حال ظهور است—که ثابت خواهد کرد پایان واقعی اوانگلیون است.